این نقص زمانی اتفاق می¬افتد که پپتیدهای کوتاه آبگریز (هیدروفوب) در پنیر تجمع پیدا می¬کنند دلیل این زیاد شدن بیش از حد پپتیدها می¬تواند ناشی از "تولید زیاد آنها یا تجزیه کم آنها" باشد.
بطور خلاصه می¬توان گفت به علت اینکه کازئین خود پروتئین نسبتا آبگریزی است بنابراین تجزیه آن به وسیله پروتئینازهای مختلف (مثل پروتئینازهای استارترها، پروتئینازهای حاصل از باکتری¬های سایکروتروف، پلاسمین یا کیموزین) می¬تواند باعث تولید پپتیدهای تلخ شود اما اگر در داخل پنیر پپتیدازهای مناسبی وجود داشته باشند و این پپتیدها را به اسیدهای آمینه سازنده خودشان تجزیه کنند دیگر ایجاد تلخی نخواهند کرد.
عواملی که می¬تواند موجب تجمع این پپتیدهای آبگریز تلخ مزه شود یا میزان تجزیه آنها را کم کند شامل فاکتورهای زیر هستند:
• برخی گونه¬های خاص استارتر، دارای پروتئینازهایی (مثل LACTOCEPIN) هستند که مستقیما تولید پپتیدهای تلخ می¬کنند و از طرفی فعالیت پپتدازی کمی دارند که باعث می¬شود نتوانند پپتیدهای تلخ تولید شده را تجزیه و تلخی را کاهش دهند.
• کیموزین نقش زیادی در تلخی دارد و با تجزیه بتاکازئین شروع به جدا کردن پپتیدهای تلخ از آن می¬کند بنابراین هر عاملی که باعث افزایش فعالیت رنت و نگهداری آن در دلمه پنیر شود موجب افزایش احتمال تلخی خواهد شد مثل نوع و مقدار رنت مورد استفاده، PH تخلیه آب پنیر و دمای پخت دلمه.
• مقدار نمک کم در پنیر عامل مهمی در ایجاد تلخی می¬شود.
• مقدار چربی کم در پنیر باعث مشخص¬تر شدن تلخی می¬شود.
• وجود آنتی بیوتیک و باکتریوفاژها و هر عاملی که باعث کاهش تعداد استارترها شود در ایجاد تلخی تاثیر دارد.
• وجود آنتی بیوتیک و باکتریوفاژها و هر عاملی که باعث کاهش تعداد استارترها شود در ایجاد تلخی تاثیر دارد.
• پنیر تولید شده از شیر حاوی مقادیر زیاد پروتئینازهای تولید شده به وسیله باکتری¬های سرما گرا مستعد تلخ شدن است.